Huyện chia làm 12 đơn vị hành chính gồm thị trấn Chợ Chùa (huyện lỵ) và 11 xã: Hành Đức, Hành Dũng, Hành Minh, Hành Nhân, Hành Phước, Hành Thiện, Hành Thịnh, Hành Thuận, Hành Tín Đông, Hành Tín Tây, Hành Trung.

• Thôn của các xã:

-Xã Hành Minh có 4 thôn: Long Bàn Nam, Long Bàn Bắc, Tình Phú Nam, Tình Phú Bắc;

-Xã Hành Đức có 5 thôn: Kỳ Thọ Nam 1, Kỳ Thọ Nam 2, Kỳ Thọ Bắc, Phú Châu, thôn Xuân Vinh;

-Xã Hành Trung có 4 thôn: Hiệp Phổ Nam, Hiệp Phổ Bắc, Hiệp Phổ Trung, Hiệp Phổ Tây;

-Xã Hành Phước có 9 thôn: Hòa Vinh, Đề An, Thuận Hòa, An Chỉ Đông, An Chỉ Tây, Hòa Mỹ, Vinh Thọ, Hòa Sơn, Hòa Thọ;

-Xã Hành Thuận có 7 thôn: Đại An Đông 1, Đại An Đông 2, Đại An Tây 1, Đại An Tây 2, Phúc Minh, Phú Định, Xuân An;

-Xã Hành Dũng có 7 thôn: Kim Thành Hạ, Trung Mỹ, An Hòa, An Sơn, An Phước, An Định, An Tân;

-Xã Hành Nhân có 8 thôn: Đồng Vinh, Kim Thành Thượng, Đông Trúc Lâm, Tân Thành, Bình Thành, Nghĩa Lâm, Phước Lâm, Tân Lập;

-Xã Hành Tín Tây có 9 thôn: Phú Khương, Phú Thọ, Long Bình, Tân Phú 1, Tân Phú 2, Tân Hòa, Đồng Miếu, Trũng Kè 1, Trũng Kè 2;

-Xã Hành Tín Đông có 7 thôn: Thiên Xuân, Nguyên Hòa, Đồng Giữa, Nhơn Lộc 1, Nhơn Lộc 2, Khánh Giang, Trường Lệ;

-Xã Hành Thiện có 7 thôn: Bàn Thới, Ngọc Sơn (Theo chính sách mới thì Ủy ban Nhân dân xã Hành Thiện đã hợp nhất thôn Ngọc Dạ và thôn Mễ Sơn lại với nhau, cái tên Ngọc Sơn là hình thức ghép chữ giữa chữ "Ngọc" trong "Ngọc Dạ" và chữ "Sơn" trong "Mễ Sơn"), Vạn Xuân 1, Vạn Xuân 2, Phú Lâm Đông, Phú Lâm Tây;

-Xã Hành Thịnh có 11 thôn: An Ba, Châu Me, châu Mỹ, Xuân Ba, Mỹ Hưng, Đồng Xuân, Ba Bình, Xuân Đình, Thuận Hòa, Hòa Huân, Xuân Hòa;

• Thị trấn huyện lị Chợ Chùa có 6 tổ dân phố: Phú Vinh Đông, Phú Vinh Tây, Phú Vinh Trung, Phú Bình Tây, Phú Bình Đông, Phú Bình Trung. Thị trấn Chợ Chùa cách tỉnh lỵ Quảng Ngãi 9 km về phía tây nam.
• Là huyện đầu tiên ở tỉnh Quảng Ngãi đạt " Huyện Nông thôn Mới "